氨基酸序列是蛋白质功能的基石，亦是理解生物体调控机制、疾病发展与分子药物作用的关键入口。随着蛋白组学的迅速发展，氨基酸序列分析已经从传统化学测定拓展至高通量、可修饰、多维度的数据整合阶段，成为连接基因组与表型功能的重要桥梁。本文将探讨当前主流的氨基酸序列分析技术路径、常见挑战。

一、氨基酸序列分析的核心技术

1、串联质谱（LC-MS/MS）

当前最常用的氨基酸序列分析方法是基于LC-MS/MS的质谱测序技术。该方法以以下几个步骤为核心：

（1）酶解处理：将目标蛋白用胰蛋白酶等特异性酶切为多肽段。

（2）液相色谱分离：对复杂肽段进行高效液相色谱分离，提升分辨率。

（3）一级质谱（MS1）：检测母离子的m/z，初步筛选多肽段。

（4）二级质谱（MS2）：通过碰撞诱导解离形成b、y离子系列，根据碎片差值推断氨基酸序列。

（5）数据库比对与序列识别：借助MaxQuant、PEAKS、Byonic等平台还原肽段序列并映射到蛋白数据库。

2、De novo测序

在无数据库参考或未知蛋白研究中，使用de novo算法可根据碎裂谱图直接重建氨基酸顺序，适用于新物种研究或抗体可变区解析。

3、Edman降解

通过逐步化学切除N端氨基酸并进行鉴定，可获得短肽的序列信息。尽管该方法准确性高，但已因通量与适应性限制逐渐被质谱法取代。

二、氨基酸序列分析中面临的挑战

1、蛋白复杂性

蛋白质经过剪接变异、翻译后修饰（PTMs）后，形成多种异构体，显著增加序列解析的复杂性。

2、修饰位点不确定性

如磷酸化、乙酰化、甲基化等PTMs常导致质量偏移或碎裂路径变化，对修饰定位精度提出挑战。

3、样本处理差异

蛋白的提取、酶解、纯化等步骤若控制不当，可能造成测序效率低、背景干扰高、序列中断等问题。

4、数据分析压力

面对大量碎片谱图，如何高效、准确进行数据库匹配与人工干预验证，是影响序列还原质量的关键因素。

三、百泰派克的氨基酸序列分析平台

为应对上述挑战，百泰派克生物科技构建了一体化蛋白序列解析平台，具备以下特色能力：

• 高精度质谱平台（Orbitrap Exploris、Fusion Lumos）支持完整蛋白肽段的测序与修饰识别
• 标准化样本预处理流程（还原、烷基化、自动化酶解）保障样本质量
• 多策略数据分析管线（数据库匹配 + de novo并行）提升序列还原率
• 支持序列比对、突变检测、PTM标注与可视化展示
• 跨平台联动：支持蛋白测序、功能组学、抗体验证等多场景应用

氨基酸序列分析不仅是对蛋白质本体的理解，更是揭示其功能状态、疾病机制与药物作用的核心前提。在质谱平台不断升级与算法能力持续拓展的背景下，精准、高通量、可修饰识别的氨基酸序列解析将成为未来蛋白质研究的常规需求。百泰派克生物科技将持续提供前沿平台与专业服务，赋能生命科学研究与生物技术创新。如您有蛋白测序、抗体验证、修饰分析等需求，欢迎联系我们获取定制方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目