在现代蛋白质组学研究中，如何选择适当的质谱策略，直接影响数据的深度、准确性以及研究成果的可转化潜力。研究初期通常需要开展广覆盖的探索性分析，此时可选用发现型蛋白质组学（Discovery Proteomics，又称“散弹枪法”）；而在候选靶点筛选完成后，研究重点将转向高特异性、高重复性的验证阶段，靶向蛋白质组学（Targeted Proteomics）便成为首选技术路径。本文将从技术原理、数据特征、适用场景及优劣比较等方面，系统对比这两种策略，并介绍百泰派克生物科技如何协助科研人员高效整合二者，提升整体研究效率与成果转化率。

一、原理差异：探索式 vs 验证式

1、散弹枪法Shotgun Proteomics：大规模无偏探索

散弹枪法（Shotgun Proteomics）也称发现型蛋白质组学（Discovery Proteomics），主要采用数据依赖采集（DDA）策略。利用LC-MS/MS系统对样本中所有可检测肽段进行随机采集和数据库匹配。强调覆盖度与蛋白识别数量，适合未知机制的初筛探索。

2、靶向蛋白质组学：精准定量的“狙击手”

采用MRM或PRM方式，仅检测预设的特定肽段。样本中所有信息被忽略，质谱仅关注“感兴趣目标”。数据可重复、定量稳定，适合验证候选标志物或疾病靶点。

二、比较分析：一张表看懂两大策略差异

三、应用场景：不是替代，而是互补

1、散弹枪法的典型应用

（1）大规模筛选疾病相关差异蛋白（如肿瘤 vs 正常组织）

（2）研究生物通路、蛋白互作网络

（3）快速生成新假设，识别潜在生物标志物

2、靶向蛋白质组学的典型应用

（1）验证候选蛋白在独立样本中的表达趋势

（2）建立伴随诊断模型，支持临床决策

（3）实现关键蛋白的绝对定量，用于药效评价

百泰派克生物科技整合解决方案：让技术更贴近研究目标

百泰派克生物科技整合多种质谱策略，帮助科研人员根据项目需求灵活选择：

• 发现阶段：支持Shotgun + DIA数据获取
• 验证阶段：定制MRM/PRM靶点设计与方法开发
• 定量阶段：SIS肽合成与绝对定量
• 数据分析：支持网络分析、通路富集、可视化展示

我们不仅提供平台，更提供“策略+分析+转化”的一站式服务。Shotgun和靶向蛋白质组学并非二选一，而是一个连续的研究闭环：从全面扫描，到精准锁定，再到临床可转化。关键在于，研究者如何在正确的时间节点，选择合适的技术策略。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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